Το Μουσείο Μπενάκη συγκαταλέγεται στις μεγάλες εκείνες δωρεές που αύξησαν τα περιουσιακά στοιχεία του κράτους, ενώ ταυτόχρονα αποτελεί και τον παλαιότερο μουσειακό οργανισμό που λειτουργεί στην Ελλάδα ως Ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου. Με τις εκτεταμένες ενότητες των εκθεμάτων του, που καλύπτουν περισσότερους από έναν πολιτισμικούς τομείς, αλλά και τη γενικότερη λειτουργία του, που εξυπηρετεί περισσότερες από μία κοινωνικές ανάγκες, το Μουσείο Μπενάκη, προσφέρει ένα μοναδικό ίσως υπόδειγμα σύνθετης δομής μέσα στο ευρύτερο πλέγμα των μουσειακών ιδρυμάτων της Ελλάδας.
Αρχικά ο Αντώνης Μπενάκης άρχισε να συγκροτεί τις διάφορες συλλογές του στην Αίγυπτο. Όταν ήλθε στην Ελλάδα το 1928, για μόνιμη εγκατάσταση, τις δώρησε στο ελληνικό κράτος. Οι συλλογές αυτές στεγάζονται σήμερα στο πατρικό του σπίτι, ένα από τα μεγαλύτερα και ωραιότερα νεοκλασικά κτίρια της Αθήνας το οποίο και ουσιαστικά απετέλεσε και το πρώτο ιδιωτικό μουσείο της Ελλάδας. Η μεγάλη ανταπόκριση που έτυχε το μουσείο αυτό εκ μέρους κυρίως του αθηναϊκού κοινού οδήγησε σχετικά με ταχύ ρυθμό τον πολλαπλασιασμό των εκθεμάτων του. Χάρη και πολλών άλλων ευεργετών και δωρητών το Μουσείο Μπενάκη συνεχίζει ακόμα και σήμερα να εμπλουτίζεται με περιουσιακά στοιχεία που του δίνουν την δυνατότητα της πρωτοπόρου παρουσίας σε εκδηλώσεις του αντικειμένου του και γενικότερα της τέχνης.
Έτσι αφενός η ραγδαία αύξηση των συλλογών εκθεμάτων του μουσείου και αφετέρου η επαύξησης των διαφόρων δραστηριοτήτων του, που ακολούθησε, επέβαλε την επέκταση των κτιριακών εγκαταστάσεων και τη δημιουργία πολλών παραρτημάτων.
Το μουσείο φιλοξενεί στους τρεις ορόφους αντιπροσωπευτικά έργα όλων των εποχών της Ελληνικής ιστορίας και τέχνης από την προϊστορική εποχή μέχρι τους σύγχρονους καιρούς. Η αρχική συλλογή του Αντώνη Μπενάκη που αποτελεί και τον πυρήνα της συλλογής του μουσείου περιελάμβανε έργα αρχαίας Βυζαντινής, μεταβυζαντινής, ισλαμικής και παραδοσιακής τέχνης. Στις συλλογές του μουσείου περιλαμβάνονται επίσης έργα Ασιατικής (Κινέζικης κυρίως) και Κοπτικής τέχνης. Ιδιαίτερα σημαντικά το τμήμα των Φωτογραφικών Αρχείων του Μουσείου Μπενάκη που ιδρύθηκε το 1973 με στόχο τη συγκέντρωση, διαφύλαξη, καταγραφή και ταξινόμηση φωτογραφιών από μνημεία και αντικείμενα παλαιοχριστιανικής, βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης αλλά γρήγορα επεκτάθηκε με αγορές ή δωρεές σε φωτογραφίες τέχνης. Ενδεικτικά, φιλοξενούνται έργα των γνωστών Ελλήνων φωτογράφων Nelly’s, Βούλας Παπαϊωάννου, Περικλή Παπαχατζηδάκη, Δημήτρη Χαρισιάδη, Νικόλαου Ρίζου, Νικόλαου Τομπάζη. Κατά τη διάρκεια της λειτουργίας του, διάφορα έργα τέχνης, συλλογές αλλά και κτίρια έχουν δωρηθεί στο μουσείο όπως η έπαυλη Κουλούρα στο Φάληρο που πρόκειται να φιλοξενήσει το Μουσείο παιγνιδιών. Πρόσφατα το μουσείο άνοιξε νέα παραρτήματα το Κτίριο της Οδού Πειραιώς που στεγάζει μεταξύ άλλων τα αρχεία Νεοελληνικής Αρχιτεκτονικής, το νέο Μουσείο Ισλαμικής Τέχνης, την πινακοθήκη Νίκου Χατζηκυριάκου Γκίκα και την οικία της Πηνελόπης Δέλτα στην Κηφισιά που αποτελεί την έδρα του ιστορικού Αρχείου του Iδρύματος Μπενάκη